Urodził się 6 kwietnia 1908 r. w Brykach gmina Wysokie Mazowieckie jako syn Józefa i Anny z domu Biały. Ukończył Wyższe Seminarium Duchowne w Łomży i w 1933 r. otrzymał święcenia kapłańskie. W latach 1933-1939 pracował jako wikariusz i katecheta w parafiach Teolin, Szumowo, Kolno oraz Sejny, gdzie od 1938 r. był także pomocniczym kapelanem w służbie dla żołnierzy Korpusu Ochrony Pogranicza Baon KOP „Sejny”.
W marcu 1939 r. został powołany na kapelana rezerwy w duszpasterstwie wojskowym w stopniu kapitana ze starszeństwem z dnia 1.01.1939 r. i obowiązkiem stawienia się do wyznaczonej jednostki w razie wybuchu wojny.
Po wybuchu wojny z Niemcami w 1939 r. był na froncie kampanii wrześniowej, ale nie ustalono czy z Baonem KOP „Sejny” czy z jednostką WP do której otrzymał kartę mobilizacyjną. W nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej i przez NKWD został odesłany do oficerskiego obozu w Kozielsku, skąd w dniu 23.12.1939 r. przed wigilią Bożego Narodzenia w grupie kapelanów WP został odesłany do obozu policyjnego w Ostaszkowie, gdzie przybyli w dniu 29.12.1939 r.
W kwietniu 1940 r. został wywieziony z Ostaszkowa do więzienia NKWD w Kalininie/Twerze, tam zamordowany i razem z innymi pogrzebany w Miednoje.
Jego nazwisko figuruje na Katyńskiej Liście Wywozowej z obozu w Ostaszkowie, sporządzonej w 1940 r. przez NKWD w Moskwie nr 05/3 pozycja 64 sprawa nr 5859.
Biogram księdza kapitana Jana Mioduszewskiego zamieszczono na stronie 585 w Polskiej Księdze Cmentarnej Miednoje. W październiku 2007 r. w ramach akcji Katyń pamiętamy – uczcijmy pamięć bohaterów został pośmiertnie mianowany na stopień majora WP. W grudniu 2009 r. był zgłoszony w grupie 24 księży kapelanów pomordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kandydata do procesu beatyfikacyjnego męczenników wschodu (1918-1989) z okresu drugiej wojny światowej.
Dla jego pamięci posadzono „Dęby Katyńskie” w Sejnach i w Alei 33 Dębów Pamięci Kapelanów Katyńskich w Kalwarii Pacławskiej. Upamiętniony jest na tablicach memorialnych w Sanktuariach: w Kalwarii Pacławskiej na Podkarpaciu, w Wąwolnicy na Lubelszczyźnie, w Grodowcu na Dolnym Śląsku i na szczycie Święty Krzyż w Górach Świętokrzyskich.
We wspomnieniach rodziny mieszkającej w Sejnach w latach międzywojennych i po wojnie wiadomo, że Ksiądz Jan Mioduszewski w czasie pracy w Sejnach od 1.09.1938 r. do wybuchu wojny z Niemcami był wikariuszem w kościele parafialnym i ofiarnie służył nie tylko cywilnej ludności, ale także żołnierzom Wojska Polskiego kwaterującym w mieście i okolicy, oraz żołnierzom Korpusu Ochrony Pogranicza z Baonu KOP „Sejny”, którzy od 1924 r. strzegli granicy polsko-litewskiej.
Był bardzo lubianym i szanowanym, mądrym księdzem, dobrym i miłym człowiekiem. Dla jego pamięci mieszkańcy Sejn posadzili w 2012 r. drzewo „Dąb Katyński” w ogrodzie bazyliki w Sejnach.