Urodził się 2 kwietnia 1889 r. w Woli Wieruszyckiej powiat Bochnia jako syn Jana i Marianny z domu Jarotek. Ukończył Seminarium Duchowne w Krakowie i studia wyższe na wydziale teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, w 1913 r. otrzymał święcenia kapłańskie.
Po prymicji pracował jako wikariusz i katecheta w parafii Babice. Po wybuchu pierwszej wojny światowej w 1914 r. zgłosił się do Legionów na kapelana, ale nie został przyjęty z braku etatów duszpasterskich. Przeniesiony od września 1917 r. do Krakowa, pracował tam dwa lata jako katecheta w szkole podstawowej i będąc w 1918 r. kapelanem Legii Akademickiej uczestniczył w rozbrajaniu wojsk austriackich.
Świadectwo moralności
W świadectwie moralności jakie księdzu Ziółkowskiemu wystawił proboszcz parafii Babice w 1917 r. czytamy – fragmenty: Obowiązki swe spełniał bardzo gorliwie, sumiennie, rzetelnie, w konfesjonale bez wytchnienia, w szkole nieraz z uszczerbkiem zdrowia, przy chorych pocieszyciel, na ambonie gorliwy kaznodzieja, ubogim pomożyciel, przyczynił się bardzo do kultu Najświętszego Serca Pana Jezusa i Matki Bożej Pomocy Nieustającej. Znakomity organizator stowarzyszeń parafialnych, założyciel chóru, który pięknie śpiewał w czasie nabożeństw.
Kapelan Wojska Polskiego
Ksiądz Jan Ziółkowski w dniu 21.07.1919 r. został przyjęty jako ochotnik na etat kapelana zawodowego w duszpasterstwie Wojska Polskiego w stopniu kapitana ze starszeństwem z dnia 1.06.1919 r. Przydzielony na kapelana do 5. pp Legionów w składzie 1. Dywizji Piechoty Legionów uczestniczył w walkach z bolszewikami na froncie litewsko-białoruskim, na Łotwie, w wyprawie pod Kijów i odwrocie WP z Ukrainy, w kontrofensywie bitwy warszawskiej i w bitwie niemeńskiej. Za bohaterstwo w bitwie o przesmyk w Gibach koło Sejn, gdzie III batalion 5. pp Legionów walczył z wojskiem litewskim, sprzymierzonym z bolszewikami, ksiądz Ziółkowski został odznaczony Krzyżem Walecznych i we wniosku na odznaczenie, wystawionym przez D-two III Batalionu 5. PP Legionów w październiku 1920 r. czytamy opis jego czynu w relacji 3 świadków: 22.09.1920 r. Batalion w marszu na Giby. Do batalionu przyłączył się na wyprawę ks. kapelan Jan Ziółkowski. Litwini obsadzili bardzo silnie Giby zachodnie piechotą i artylerią. Przywitali naszych bardzo silnym ogniem, na miejscu było dużo rannych i zabitych. Ksiądz kapelan nie słuchając rad by został w tyle, gnał na przód do atakującej kompanii 11-tej i tam gdzie ludzie przypadali do ziemi z powodu silnego ognia. On stojąc błogosławi atakujących, spowiada ciężko rannych i udziela ostatniego namaszczenia. Żołnierze zdziwieni pojawieniem się kapelana w huraganowym ogniu artylerii i karabinów maszynowych, widząc go spokojnego i nie zważającego na strzały, zrywają się z ziemi i dalej atakują umocnione pozycje nieprzyjaciela. Tutaj trzeba dodać, że zwycięstwo w Gibach odblokowało drogę dla przemarszu 2. Armii WP z taborami do bitwy niemeńskiej pod Lidą.
Od 1922 r. ksiądz Ziółkowski w stopniu starszego kapelana majora pracował na Wileńszczyźnie jako kierownik rejonu duszpasterstwa Wilno w dekanacie Okręgu Korpusu Nr III Grodno. Od 1.10.1924 r. był przeniesiony na takie samo stanowisko do dekanatu Lublin, a od 1.02.1925 r. do dekanatu Okręgu Korpusu Nr VI Lwów i pracował najpierw jako kierownik rejonu duszpasterstwa Stanisławów – Kołomyja, a później na stanowisku proboszcza parafii wojskowej w Stanisławowie.
Od 3.10.1930 r. przeniesiony do Korpusu Ochrony Pogranicza był kapelanem polowym Brygady KOP „Podole” strzegącej granicy Polski z Ukrainą Sowiecką i Rumunią, dowództwo Brygady kwaterowało w Czortkowie, a rejon podlegał religijnie pod dekanat w Tarnopolu w Okręgu Korpusu Nr VI Lwów.
Od 15.05.1937 r. ksiądz Ziółkowski przeniesiony do dekanatu Okręgu Korpusu nr X Przemyśl, pracował jako administrator parafii wojskowej 24. Dywizji Piechoty w Jarosławiu i dziekan polowy tej formacji. Posiadał odznaczenia: Krzyż Walecznych, Złoty Krzyż Zasługi, Medal za Wojnę 1918-1921, Medal 10-lecia Odzyskanej Niepodległości i Łotewski Medal Pamięci z Mieczami.
W sowieckiej niewoli
Po wybuchu wojny z Niemcami i kampanii wrześniowej w 1939 r. ksiądz Jan Ziółkowski w dniu 17.09.1939 r. z grupą żołnierzy 24. DP dostał się do niewoli sowieckiej na szosie z Tarnopola w kierunku granicy z Rumunią, według relacji świadka miał możliwość ucieczki, ale został twierdząc że w niewoli będzie żołnierzom WP bardzo potrzebny. Odesłany został przez NKWD do przejściowego obozu w Kozielszczynie, gdzie według relacji innego świadka odprawił tajną mszę św. w dniu 15.10.1939 r. Odesłany z Kozielszczyny do oficerskiego obozu w Kozielsku, nie został wywieziony przed wigilią Bożego Narodzenia z kapelanami WP do obozu w Ostaszkowie w dniu 23.12.1939 r. ponieważ w tym czasie siedział w areszcie, przyłapany wcześniej za udział w zakazanych zgromadzeniach religijnych. Według relacji oficerów WP ocalonych przed śmiercią w Katyniu, ksiądz Ziółkowski chodząc w mundurze majora, przed Wielkanocą w 1940 r. wyspowiadał w obozie w Kozielsku setki oficerów, spacerując z nimi we dwójkę po obozowych ścieżkach, odprawiał tajne msze św. w piwnicach i rozdawał Komunię w postaci kostek chleba. Ostatnią mszę św. odprawił w dniu 7.04.1940 r. i w tym samym dniu został wywieziony z Kozielska do więzienia NKWD w Smoleńsku i zamordowany w Katyniu. Jego nazwisko figuruje na Katyńskiej Liście Wywozowej z Kozielska sporządzonej w 1940 r. przez NKWD w Moskwie nr 015/2 pozycja 39 sprawa 1801.
Upamiętnienie
Biogram księdza majora Jana Leona Ziółkowskiego zamieszczono na 736 stronie Polskiej Księgi Cmentarnej Katyń, ale przez pomyłkę autorów przy jego biogramie załączono fotografię innego księdza. W lipcu 2007 r. został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za zasługi dla niepodległości Polski przez Prezydenta RP, a w październiku 2007 r. w ramach akcji Katyń pamiętamy – uczcijmy pamięć bohaterów pośmiertnie został mianowany na stopień podpułkownika WP. W grudniu 2009 r. był zgłoszony w grupie 24 kapelanów pomordowanych w 1940 r. w Katyniu, Charkowie i Twerze, na kandydata do procesu beatyfikacyjnego męczenników wschodu (1918-1989) z okresu drugiej wojny światowej.
Dla jego pamięci posadzono „Dęby Katyńskie” w Łapanowie i w Alei 33 Dębów Pamięci Kapelanów Katyńskich w Kalwarii Pacławskiej. Upamiętniony został na tablicach memorialnych w kościele w Łapanowie, na Ścianie Katyńskiej w kościele WP w Krakowie, w katedrze WP w Warszawie, w kościołach WP w Przemyślu i Lublinie oraz w Sanktuariach: w Kalwarii Pacławskiej na Podkarpaciu, w Wąwolnicy na Lubelszczyźnie, w Grodowcu na Dolnym Śląsku i na szczycie Święty Krzyż w Górach Świętokrzyskich.